拥有用肉眼看见“菌”能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情，这次的动画中完全再现了原作里登场的100种以上细菌，一气呵成的热闹的细菌军团"酿"活动集结了CG技术的优势，描绘了非常壮烈的视觉效果。2D，3D，写实等特效，在每集动画中的片尾都有“菌剧场”，本作清新可爱，搞笑的同时也轻松的介绍了很多科普知识，各种“菌”不仅造型超萌，而且有自己的思想，还可以说话，有的口气还十分狂妄：“小心我酿了你！”。

今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。 　　作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了

故事发生在一间私立学园之中，长濑准一（羽多野涉 配音）是一个平凡的男生，一直以来，他都和妹妹凑（平野绫 配音）一起过着波澜不惊的平静生活。一次偶然中，准一遇见了一伙不良少年正在欺负一名陌生少女，看不下去的准一挺身而出救下了少女，却被不良少年道出了自己想要隐瞒的灰暗过去。 　　让准一没有想到的是，被他所救的少女竟然在隔天成为了班上新来的转校生，她的名字叫片桐优姬（钉宫理惠 配音），更让准一吃惊的是，本以为对自己不抱什么好感的优姬居然自称是准一的未婚妻。就这样，在准一、凑和优姬之间，充满了波折与意外的三角恋情就此产生。

绫月芽衣（诸星堇 配音）是一名普通的女子高中生，一次偶然中，她邂逅了自称为魔术师的神秘男子，在该男子的一顿操作之下，绫月芽衣竟然穿越回了明治时代，并且在误打误撞之中来到了鹿鸣馆。 　　在这里，绫月芽衣遇到了曾经只在书中见过他们名字的大文豪们——性格敏感古怪，对兔子有着异样狂热的泉镜花（冈本信彦 配音）、拥有超高智商，行为举止异于常人的森鸥外（浪川大辅 配音）、性格内向沉默寡言的菱田春草（KENN 配音）、温柔体贴文质彬彬的川上音二郎（鸟海浩辅 配音），绫月芽衣的命运会和他们产生怎样的碰撞呢？

在对未来感到迷茫的状态下升入高中的遥马理久，被偶然在操场看到的如同野兽般的动作所吸引。比任何人都要跳得高、跑得快，漂亮地完成达阵。狩矢光所进行的这项运动，正是以前理久所放弃的橄榄球。 　　理久不假思索地对光那粗犷的跑姿提出建议。光从这番话中，感受到理久对橄榄球隐秘的热情。头脑与肉体，通过两人的相遇，理久的未来开始被新的光所照亮…

乐于助人的鸠谷小羽，在初中即将毕业时了解到了啦啦队活动并被其所吸引，在高中与有过啦啦队活动经验的有马日诘、青梅竹马的猿渡宇希一起成立了啦啦队同好会。

主人公桐山零，幼时因为意外事故失去了家人，是一个背负着沉重的孤独的17岁将棋棋士。 独自居住在东京旧市镇桐山零遇见了明里、日向、桃三姐妹，少年桐山零因此发生了改变……

自从勾当台公园舞台的圣诞演出结束后，Wake up Girl的女孩们在享受新年假期的同时，也为组合的命运各自踟蹰担忧。经纪人兼代理社长松田耕平（浅沼晋太郎 配音）更是焦头烂额，在债务追逼置于，想尽各种办法为女孩们联系演出，期间不免遭到无良制作人的刁难。随着丹下社长（日高法子 配音）的回归，已经濒临崩溃的Wake up Girl侥幸保存下来，岛田真梦（吉冈茉祐 配音）和林田蓝里（永野爱理 配音）她们抱持着不惜牺牲一切的觉悟朝着偶像的目标再度前进。另一方面，超人气国民偶像组合I-1Club也开始了47都道府县制霸的运营策略，小小仙台点燃了偶像之争的战火。

袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害·落星雨。在这场大灾害之下，世界多数的都市遭到毁灭。但，从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终於诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。

在昌盛繁荣的古都平安京，百姓却受到妖魔侵扰，为查清背后真相，身兼宫廷乐师的醍醐天皇之孙源博雅造访阴阳寮，在此认识了解开此谜团的不二人选：法力高强的阴阳师安倍晴明。他浑身散发一股超脱凡俗的气息，对世事似乎提不起劲，也没什么意愿想帮忙，让博雅碰了个大钉子。然而两人最后还是循线查到罪魁祸首，也将与藏身邪恶阴影中的芦屋道满正面对抗。与晴明和博雅同行的伙伴还有传授博雅笛艺的敦实亲王、天皇的阴阳师贺茂保宪，以及因缘际会之下加入他们的露子姫。一行人的情感在旅途中逐渐错综交织，晴明与博雅能够让都城的老百姓重新安宁度日吗？

Haruka 进入了日高大学，他现在正在游泳俱乐部训练，为新人锦标赛做准备。有一天，他遇到了中学时的游泳队友朝日。遥后来和同样搬到东京的真琴一起在一家咖啡店追上朝日——话题很快转向了他们在中学时一起游泳的另一位队友育也。在新人锦标赛当天，遥和朝日多年来第一次同台竞技——日和观看了这一奇观，他称遥是“劣质的育也”。比赛结束后，遥和朝日一起穿过大厅时，瞥见了路过的郁也。

传说中的部队——创形者队拯救了EL潜行者的第2次志愿者联盟战已经过去两年。 　　曾经的战场——高达模型联网对战（GBN）在经过版本升级后，加入了感觉反馈功能，代入感也得到进一步提升。不过也有很多潜行者并非出于跟风，而是怀揣各自想法进入这一世界。 　　悠人是个扮演着佣兵，独自徘徊于次元世界空间的潜行者。 　　风见孤傲轻佻，梦想受众人崇拜，穿梭在不同团队。 　　芽依从早到晚进行高达模型对战，是个浑身散发神秘气息的独行侠。 　　孤独的新人帕维兹对合作玩法深感兴趣，却因为内向至今未能得偿所愿。

美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。 　　时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。

在第二季中，主人公七濑遥（岛崎信长 配音）以及好朋友橘真琴（铃木达央 配音）成为岩鸢高中三年级生，他们一方面烦恼着没有新人加入游泳部，另一方面还面临着毕业去向问题。同为游泳部成员的渚（代永翼 配音）和怜（平川大辅 配音），积极准备着全国大赛的训练。 　　与第一季相比，本季最大的看点，就是新角色山崎宗介（细谷佳正 配音）的登场。他是凛（宫野真守 配音）小学时代的好友，游泳实力强劲，转校归来加入了凛的游泳部。两个游泳部，两支接力队伍，在未来的全国赛上，会碰撞出什么样的青春水花？

星马烈和星马豪是一对亲兄弟，被大家称为“四驱兄弟”。他们把土屋博士送的全覆式迷你赛车“战神号”进行创造性的改造，参加全国各式各样的比赛。兄弟俩不畏艰险，奋勇拼搏，团结协作，潜心研究，战胜了一个又一个艰难险阻，取得了一次又一次来之不易的胜利。

毫无征兆的一天，杂音（Noise）突然袭来，与以往专注攻击人类相比，此次杂音似乎更有潜在的目的。曾在射月事件立下赫赫战功的雪音克莉丝（高垣彩阳 配音）与立花响（悠木碧 配音）通力配合，击败了杂音这一波的攻势，同时意识到太古遗产所罗门之杖才是这群杂音真正的目标。另一方面，世界歌姬玛丽亚（日笠阳子 配音）受邀来日，与风鸣翼（水树奈奈 配音）联手举行直播全世界的盛大演唱会。谁知演唱会开始不久，大批杂音入侵，玛丽亚代表反政府武装组织“菲尼”向全世界宣战，并且亮出了黑色的永恒之枪。

于未来的某个时间和地方,人气歌唱组合双翼(Zwei Wing)举行了风靡万千歌迷的演唱会,岂料演唱第一首歌曲以后,会场就突然被大量谜之敌人Noise攻击.双翼的成员风鸣翼和天羽奏等不及总部发出命令,果断地展现出她们最根本的SYMPHOCAL战斗形态……其中一名歌迷立花响见证整件事的发生,亦因此牵连在内,成就了两年后完全不同的她……

被后世称作“魔法少女事变”的，炼金术士卡萝的世界解剖计划被阻止的数周之后。 立花响以最大最强的敌人为对手展开格斗，被其压倒在地任凭摆布。 面对的威胁——其名为“暑假作业”。 作为学生的本分，避无可避的命运残酷到束手无策，无情到无可抗拒。 为什么会变成这样呢？ 心灵仿佛要被碾碎一般，回首过去的响。 去了海边。也去了山上。 因为与新的朋友们做了约定，以此为理由，充分享受了各处的夏日祭，晚上也像个傻瓜一样大张着嘴仰望烟花。

想要凭借神之力，打倒神明本身的原始人偶亚当·魏萨普，被圣日耳曼等人理想的动力源——贤者之石黄金炼成过的Symphogear所“击枪”。 曾经暗中活跃的巴伐利亚光明会就此瓦解，残党也在各国机关的活跃下被逼到走投无路。 然后—— 走投无路的不只有巴伐利亚光明会。 过去的超级大国美国，也因向日本发射反应兵器一事受到谴责，被国际社会所孤立。

在原导演辰树被角川解雇后，这部全新改编的《兽之朋友》聘请了不同的演员和工作人员。